Program Pascasarjana Magister Studi Islam Universitas Muhammadiyah Surabaya memiliki konsentrasi pada Pemikiran Pendidikan Islam. Program ini memberikan kesempatan seluas-luasnya atas penerapan pengetahuan yang didapatkan selama masa perkuliahan melalui kegiatan praktik maupun magang.

Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surabaya membuka tiga program pilihan, yaitu: Sarjana Pendidikan Islam, Sarjana Hukum Islam dan Sarjana Theologi Islam (perbandingan Agama).

Fakultas Hukum Universitas Muhammadiyah Surabaya membuka Program studi S-1 Ilmu Hukum yang mengkaji ilmu hukum dan konsentrasi Hukum Bisnis, Hukum Peradilan dan Hukum Kelautan. Dalam rangka menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi unggul dalam tiga bidang tersebut, maka Fakultas Hukum menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas dengan menyediakan fasilitas perkuliahan yang memadai.

Fakultas Ekonomi Universita Muhammadiyah Surabaya membuka dua jurusan, yaitu Manajemen dan Akuntansi. Masing-masing jurusan memiliki keunggulan dalam mencetak lulusan yang memiliki kemampuan dan keterampilan yang relevan dengan kebutuhan pasar, antara lain di bidang perbankan baik konvensional maupun Syari'ah, lembaga keuangan non-bank, pabrikasi, jasa perdagangan, konsultan dan unit bisnis lainnya.

Fakultas Keguruan Dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Muhammadiyah Surabaya membuka empat program studi, yaitu: Prodi Bahasa Inggris, Prodi Bahasa dan Sastra Indonesia, Prodi Matematika dan Prodi Biologi.

Fakultas Teknik Universitas Muhammadiyah Surabaya membuka enam program studi, yaitu: Prodi teknik Elektro, Prodi Teknik Mesin, Prodi Teknik Sipil, Prodi Teknik Arsitektur, Prodi Teknik Komputer/Informatika, dan Prodi teknik Perkapalan.

Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Surabaya membuka program-program pilihan, yaitu: Sarjana Keperawatan, Sarjana Psikologi, Diploma III Keperawatan, Diploma III Analisis Kesehatan dan Diploma III Kebidanan.